Santa Passera compone di due elementi sovrapposti (chiesa superiore ed inferiore), più una cripta ipogea nella quale si ritenevano collocate le spoglie dei martiri egiziani Ciro e Giovanni. Il nome Passera deriverebbe dalla distorsione di Abbas Cirus (Appàciro > Pàcera).
La chiesa superiore del XIII sec. è a navata unica, con un presbiterio absidato incorniciato da un arco e soffitto a capriate lignee. La facciata, rivolta verso il Tevere, è in laterizio preceduta da una doppia rampa di scale. Gli affreschi absidali raffigurano il Cristo benedicente tra i martiri ed altri santi, gli ordini superiori il Cristo tra gli apostoli, mentre gli ordini inferiori sono dedicati a figure devozionali. L’affresco in parete destra è dedicato a santi orientali.
La chiesa inferiore è un oratorio del V sec., composto di un’aula quadrangolare (le cui pitture consunte raffigurano tre vescovi) e di un avancorpo allungato. L’architrave edell’XI sec. evoca con un’epigrafe i nomi dei santi martiri.
Una stretta scala immette alla cella ipogea, un sepolcro romano del III sec. Vi si conservano le pitture della Giustizia e di un atleta, tra quadranti e stelle decorative. Vi era dipinta una Vergine con bambino, rubata nel 1968.